1.北洋时期的基督教活动
袁世凯窃国篡权后，承认清朝政府与列强签订的不平等条约，天主教在华因之迅速发展，年教徒已增至万。但中国爱国教徒反对外国传教士继续控制中国教会，主张培养中国的传教士。
天主教会“中国化”运动所采取的措施有：任命中国籍神甫担任高级教职；增加中国籍神甫；利用中国教士广泛发展教徒。
中国爱国教徒积极支持、参加革命活动，而西方传教士和华籍上层神职人员则反对革命，反对孙中山，拥护袁世凯。这中间斗争是十分激烈的。
2.佛教的复兴
民国初佛教复兴运动中，一个重要人物是释太虚。太虚（～），法名唯心，浙江崇德人。16岁在苏州出家，从学敬安法师，后受华山法师影响，以佛教救国救天下为己任。
民国初致力于佛教复兴和革新运动，筹办佛学院和刊物，推进佛教文化研究，发起组织中国佛学会和佛教会，成为中国新佛教运动的领袖。他曾发起组织世界佛教联合会，多次到海外讲演佛学。抗战后任中国佛教整理委员会主任委员，著有《太虚大师全书》。
民国初年，杨文会的学生欧阳渐、李政纲、邱晞等居士发起组织中国近代第一个佛教组织中国佛教会，办事处设在南京，并创办月刊。杨文会的另一学生释太虚反对欧阳渐的言行，与仁山等组织中国佛教协进会，以教理、教制、教产三大革命作为号召。
与此同时，扬州的谢无量组织佛教大同会。这三派虽然分歧很大，但都主张复兴和革新佛教。
于是江浙诸佛教名山的长老请敬安出面组织统一的中华佛教总会，并劝告欧阳渐、谢无量取消组织，得到同意。年4月，中华佛教总会在上海留云寺召开成立大会，提出“保护寺产，振兴佛教”的口号；并得到南京临时政府同意，下设20多个省支部和多个县分支部。后由袁世凯大总统以教令形式颁布中华佛教总会章程。
年2月，该会在上海静安寺再次召开大会，推选冶开、熊希龄为会长，成为独立、统一的全国性佛教团体。太虚主编该会刊物《佛教月报》，主张整顿佛教。同年6月，内务部颁布《寺庙管理暂行规则》，规定寺产不得变卖、抵押、赠与或强占。
杨文会去世后，其弟子金山寺僧月霞在杭州海潮寺创办华严大学，为中国第一所佛教大学。“五四”运动后，太虚相继创建武昌佛学院、厦门闽南佛学院。武昌佛学院董事长为梁启超，教材取自日本佛教大学，管理参用佛教丛林制度培养青年僧侣。
年欧阳渐在南京设立支那内学院，从事佛学研究和整理出版藏经，在梵、汉、藏文献比较研究上取得一定成就。年，大勇和尚从日本学习密宗后回国，在北京创办佛教藏文学院，开内地传布密宗之先声。该院与太虚创建的重庆汉藏教理院均为培养喇嘛教人才、交流汉藏佛学，作出一定贡献。
在佛教典籍出版方面，金陵刻经处继续刊刻经书。9年第一部铅印大藏经《频伽藏》出版发行，年上海净业社影印发行日本《字续藏》，年中国佛教会洑一乘、狄楚卿在沪主办发行《佛学丛报》，年中华佛教总会释太虚主持出版《佛教月报》。梁启超把佛学研究引入思想史、哲学史研究领域。
他解释新教义，谋求改进社会、普度众生、一齐成佛，希望佛教成为救人济世的精神武器。章太炎强调佛教思想应起应时济世的作用。他还认为佛学不是宗教说教，而是哲学道理，故“佛法只与哲学家同聚，不与宗教家同聚”，“是哲学中间兼有宗教，并不是宗教中间含有哲学”。
3.杨增新与新疆伊斯兰教
杨增新了解伊斯兰教，但不相信宗教，他认为：“凡宗教皆假天堂地狱之说以惑人”，“穆罕默德亦不能为福为祸于人”。但他又认为宗教是世俗统治的极重要的辅助工具，“政令不能一者，宗教得而约束之；教育不能及者，宗教得而收纳之；各国宗教不一，而劝人为善之旨相同”。
基于这种认识，杨增新在新疆统治期间对伊斯兰教采取抚绥和利用的政策。他指出，新疆与中亚有历史渊源，宗教同，人种同，都属大一回教范围，如果压制新疆穆斯林，恐招致内外联合反对；而且新疆汉人不过百分之一，如不能利用回缠，增新便不能立足于新疆。
辛亥革命时，杨增新招募五营“回队”镇压哥老会起义。他十分重视宗教上层人士，曾两次帮助哈密王镇压农民起义，两人并结为兄弟。
当时，俄、英、德、土耳其分裂新疆的活动十分猖獗，它们借机宣传泛伊斯兰教主义和大土耳其主义，煽动新疆穆斯林脱离祖国。杨增新对此十分警惕，设法坚决抵制。
4.道教的衰落及其影响
中国道教清末开始衰落。道光时道教领袖张天师的“正一嗣教真人”封号被取消；光绪时从中央到地方的道教管理机构被废止。袁世凯建洪宪帝制时重封62代天师张元旭为真人。年，国民党因道教长期以来与迷信活动纠缠一起而加以取缔。苏州年前有正式道士人，年为人。
道教自元代以来即存在两大派别：全真道和正一道。全真道又称内丹派，主要流行于北方，主张道、儒、释三教合流，修真炼气，性、命双修，实行出家制度、丛林制度。
其中心道观是被称为“全真第一丛林”的北京白云观。白云观为元代道教真人丘处机所创龙门派祖庭，接受各地云游来此学道、受戒的道士，民国时期仍然如此。其修习生活严格、清苦，传戒仪式复杂隆重，时间长达数十天。
道教中的法规戒律有戒酒、戒鸦片、戒杀生，还戒某些食物，如忠牛、孝鱼、节雁、义犬等。全真道在北方和西南地区的名山中还有一些重要丛林。正一道又称符篆派，崇拜鬼神，以符咒驱鬼治病。
其教派以江西龙虎山上清宫为中心，广泛传播于民间，如江苏茅山等地。正一道的符名目繁多，符篆文字为道家所特有，形状各异，由天师世代相传，不授外人。地方上遇有水旱瘟疫，民间有疾病死亡，往往请道士设坛打醮，驱邪降福，祈祷超度，并酬以金钱、物资。
道士设醮坛，做法事，均用音乐伴奏，加以念唱。北方全真道士多用铛、镲、木鱼、铃、鼓、磬、钟等打击乐器。南方正一道士所用除上述诸乐器外，还有笛、弦子、笙、箫、古提琴、云锣、大小锣、大小唢呐、长号、二胡等。
“法事之前有序曲，法事终了有尾声，法事进行中有歌、有舞、有独唱、齐唱、独奏、齐奏等。龙虎山天师府有一支七八人的乐队，每个道士懂几件乐器，能演出整套全堂道经、道经配曲、道经过门、道经锣鼓和24种不同的曲调，可为醮坛祈祷伴奏七七四十九天。足见道教音乐的丰富多彩”。
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